洁净手术室的选址一方面关系到与相关科室的配合是否方便、快捷，另一方面，由于手术室的设备层会产生设备噪音、进排风噪音、及设备运行震动等，其选址还要考虑对周围的环境影响，甚至要考虑其相关相邻的科室产生的设备噪音、气体排放等对周围环境的影响。其他如水、电、气、汽管路长短，手术室设备运输及后期维修（更新）等。这些因素都需要在前期选址规划时充分考虑。

洁净手术室通常设在病房楼，门诊手术室设在门诊楼，急诊手术室设在急诊科。洁净手术室选址或在病房楼5层以下，或处在病房楼中间层，或设在病房楼顶层。不同的选址各有利弊。

洁净手术室选址在5层以下

其优点是邻近门诊医技，并且可以与门诊手术室、急诊手术室等近距离共享病理科、消毒供应室等，给排水管路、气体管路、线缆及桥架均较短（供水设备、气源、配电室通常位于一层或地下室），污物运输路径也很短。

缺点是设备层会对邻近楼层造成影响，尤其是邻近楼层设病区时。

洁净手术室选址在中间层

其优点是可以实现手术室净化设备与病房楼设备层设备集成布置，一半病区运送术前术后病人路径大大缩短。给排水管路、气体管路、线缆及桥架敷设长度居中，污物运输路径长短也居中。

缺点是设备层会对邻近楼层病区造成影响，无法与门诊手术室、急诊手术室近距离共享病理科、消毒供应室。